Il modo più semplice per automatizzare pdfToolbox è utilizzare pdfToolbox Server, la variante di pdfToolbox che supporta le hot folder. In questo modo, è possibile impostare più cartelle controllate. Tutti i file PDF che entrano in una cartella sorvegliata vengono prelevati automaticamente da pdfToolbox ed elaborati secondo un profilo o un piano di processo predefinito.