De eenvoudigste manier om callas pdfToolbox te automatiseren is het gebruik van pdfToolbox Server; de pdfToolbox-variant die hot folders ondersteunt. Zo kunt u meerdere bewaakte mappen instellen. PDF-bestanden die in zo'n bewaakte map terechtkomen, worden automatisch door pdfToolbox opgepikt en verwerkt volgens een vooraf bepaald profiel of procesplan.